Гомологийн загваруудыг бүтцийн хувьд бүгд шийдэгдээгүй байгаа холбогдох уургуудын хоорондын нарийн ялгааг тодорхойлоход ашиглаж болно . Жишээлбэл, энэ аргыг Na+/K+ ATPase дээрх катион холбох газруудыг тодорхойлох, өөр өөр ATPase-ийн холбогдох хамаарлын талаархи таамаглал дэвшүүлэхэд ашигласан..
Ижил загваруудыг юунд ашигладаг вэ?
Гомологийн загварчлал нь Уургийн 3D бүтцийг амин хүчлийн дарааллаас нь тодорхойлоход ашигладаг тооцооллын бүтцийг таамаглах аргуудын нэг юм. Энэ нь тооцооллын бүтцийг урьдчилан таамаглах аргуудаас хамгийн үнэн зөв гэж тооцогддог. Энэ нь хэрэглэхэд хялбар, хялбар олон алхамаас бүрдэнэ.
Гомологийн загварчлал гэж юу вэ, яагаад хэрэгтэй вэ?
Гомологийн загварчлал нь загвар болон зорилтот дарааллын ижил төстэй байдал дээр тулгуурлан зорилтот уургийн гурван хэмжээст бүтцийг олж авдаг бөгөөд энэ арга нь мембраны уургийг судлахад үр дүнтэй болох нь батлагдсан. Энэ нь …-ийн талаар илүү их ойлголт өгдөг тул GPCR шиг талсжихад хэцүү байдаг.
Хэрхэн ижил төстэй загвар хийдэг вэ?
Гомологийн загварчлалд хэд хэдэн алхам байдаг
- Зорилтот дарааллаа ашиглан загвар сонгоно уу. Үүний тулд та BLASTp хайлтыг байгаа бүх уургийн бүтцээс (PDB) хийж болно. …
- Загвар болон зорилтот дарааллыг зэрэгцүүлэх. …
- Таны загварын чанар. …
- Сайжруулсантаны загварын дагуу.
Ямар нь ижил төстэй загварчлалыг сайн хийдэг вэ?
Хэрэв бид "маш амжилттай ижил төстэй загвар"-ыг эмпирик бүтцээс <=2 Å rmsd гэж тодорхойлох юм бол загвар нь амжилтанд хүрэх зорилттой >=60% дарааллын ижил төстэй байх ёстой. ханш >70%. Өндөр дарааллаар (60%-95%) ч гэсэн арав дахь ижил төстэй загвар тутмын нэг нь rmsd >5 Å vs. байна.
